画像とアノテーションを扱う際には、近年はIIIF (International Image Interoperability Framework) を用いるのが有力な手段です。IIIF規格に従ってコンテンツを公開すると、フリーソフトとして開発公開されている様々なビューワで表示できて構築にかかるコストを低減できるだけでなく、そのようにして公開された各地のIIIF対応コンテンツを統一的に扱って仮想コレクションを作ったりすることもできます。IIIFに関しては、「IIIFに関する日本語情報の私的なまとめ」もご覧ください。
IIIF対応ビューワ
などが比較的高機能なものとして有益な選択かと思われます。
IIIFコンテンツを横断して活用するための仕組み
IIIFを活用するための環境は、現在世界中で開発されているところですが、今のところ、Curation Viewer（軽量級）と Omeka IIIF Toolkit（重量級）が比較的容易に使えて有用性も高いです。詳しくは以下をご参照ください。
Curation Viewer
Omeka IIIF Toolkit